广州中医药大学一院和二院的区别主要体现在以下几个方面：
- 历史沿革 ：
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一院 ：广州中医药大学第一临床医学院是广州中医药大学最大的医学院，也是最古老的，可以算是老大。其附属医院为一附院，一附院在全国中医界能排前十。
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二院 ：二院的附属医院是广东省中医院，虽然历史没有一附院悠久，但广东省中医院是国内历史最悠久的中医医院。广东省中医院后来划归广州中医学院，成为第二附属医院。
- 规模与分院 ：
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一院 ：一附院主要在三元里的院本部，规模相对较小。
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二院 ：二附院即广东省中医院，规模非常大，有四个分院，分别位于广州、珠海等地。
- 专业与师资 ：
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一院 ：一院的专业设置和师资力量较强，尤其是中医专业在全国有较高的排名。
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二院 ：二院同样设有中医专业，但由于其附属医院广东省中医院的影响力和规模，其专业水平和师资力量也非常雄厚。
- 地理位置 ：
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一院 ：位于三元里，周边环境和交通相对较为荒凉，但近年来发展迅速。
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二院 ：位于闹市区，人们看病较为方便。
建议
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选择一院 ：如果更看重学院的历史和传统，以及一附院在全国的排名，可以选择一院。
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选择二院 ：如果更看重医院的规模和分院网络，以及广东省中医院的名气和方便性，可以选择二院。
总的来说，广州中医药大学一院和二院各有优势，选择哪个学院更好取决于个人的需求和偏好。