农村合作医疗在三甲医院是可以报销的，不过可能存在一些限制导致报销不了，以下是具体介绍：
报销政策
门诊报销 ：在三级医院门诊就诊，报销比例相对较低，一般为 20% 左右，每次就诊各项检查费及手术费限额 50 元，处方药费限额 200 元。
住院报销 ：2025 年新农合政策规定，三级医疗机构住院报销，在政策范围内报销比例可达 60%。不过不同地区可能会有所差异，如有的地方规定市级三甲医院住院报销比例为 30% 至 55% 左右，省级三甲医院报销比例可能为 1000 元以下部分报销 20%，1000 元至 10000 元之间的部分报销 45%，10000 元以上的部分报销 40%。
可能报销不了的原因
未在定点医疗机构就医 ：农村合作医疗有定点医疗机构的规定，如果所去的三甲医院不是当地的合作医疗定点医院，那么可能无法报销。可以在当地医保部门官网或通过电话等方式查询定点医院名单。
未办理转诊手续 ：如果需要到异地三甲医院就医，通常需要先在当地的定点医疗机构办理转诊手续，否则可能会影响报销。比如从乡镇卫生院或县级医院转诊至市级或省级三甲医院，需按照规定流程办理转诊证明。
费用不在报销范围内 ：农村合作医疗的报销范围有一定的限制，如一些非疾病治疗性的项目，像美容、整形、减肥、增高、增智等，或者是一些超出医保目录的药品、诊疗项目和医疗服务设施等所产生的费用，是不予报销的。
起付线未达到 ：住院报销有起付线标准，不同地区的三甲医院起付线可能不同，一般在 1000 元至 2000 元左右，只有当住院费用超过起付线的部分才能按规定比例报销。
报销资料不齐全 ：报销时需要提供完整的资料，如住院发票、合作医疗证历本（或病历）、费用明细清单、出院小结等，如果缺少相关资料，可能会导致报销流程无法进行。