新农合的住院和门诊报销政策是独立的，二者之间通常没有直接的冲突，但报销比例和适用范围因地区和医疗机构级别而有所不同。以下是具体说明：

1. 住院报销政策

住院报销是针对需要住院治疗的较大疾病，报销比例通常较高，体现了对大病患者的倾斜支持：

• 报销比例：根据医疗机构级别，报销比例有所不同。例如：
  • 在镇卫生院住院，报销比例可达60%-90%；
  • 在县级医院住院，报销比例一般为40%-80%；
  • 在市级或省级医院住院，报销比例可能为30%-60%。
• 起付线：部分地区对住院费用设有起付线，即超过一定金额后才能报销。例如，贫困人员在县级医疗机构住院可能无需缴纳押金，起付线也可能被免除。

2. 门诊报销政策

门诊报销适用于日常小病小痛的诊疗，报销比例相对较低：

• 报销比例：根据医疗机构级别，门诊报销比例通常为30%-80%。例如：
  • 在乡镇卫生院门诊就诊，报销比例可能为40%-70%；
  • 在村卫生室就诊，报销比例可达60%-80%。
• 限额：门诊报销通常有年度封顶线和单次费用限额。例如，镇卫生院门诊的年度封顶线可能为5000元，单次处方药费用限额为100元。

3. 住院与门诊报销的独立性

住院和门诊报销是两个独立的报销体系，分别适用于不同的医疗场景：

• 报销范围：住院报销覆盖住院期间的治疗费用，包括手术费、药品费等；门诊报销则适用于日常门诊诊疗。
• 报销条件：住院报销通常没有次数限制，但需符合住院治疗的指征；门诊报销可能受到次数和费用的限制，如年度报销总额封顶等。

4. 地区差异

需要注意的是，新农合的报销政策存在地区差异。不同地区的报销比例、起付线和报销范围可能有所不同。例如，某些地区可能对特殊疾病门诊提供报销，而其他地区则没有类似政策。

5. 建议

为了确保报销权益，建议您：

• 咨询当地政策：在办理报销前，先咨询当地新农合服务窗口，了解具体的报销政策和流程。
• 合理规划医疗支出：根据自身病情选择合适的医疗机构，尽量在基层医疗机构就诊以获得更高的报销比例。

通过以上信息可以看出，住院和门诊报销是独立运作的，您可以根据实际情况选择适合的报销方式。如有其他疑问，可进一步咨询当地医保部门或新农合服务窗口。