乌鲁木齐的二级甲等医院包括：
- 新疆医科大学第六附属医院（新疆建工医院） ：
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地址：乌鲁木齐市五星南路39号
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特点：以骨科为特色，拥有消化性溃疡、胃炎、口腔溃疡、顽固性便秘、肠易激综合征等疾病的治疗能力。
- 新疆自治区第一济困医院 ：
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地址：乌鲁木齐市水磨沟区温泉西路21号
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特点：集济困、低保、医疗、教学、急救、康复及社区卫生服务为一体的公益性非营利医院。
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新疆乌鲁木齐市经济技术开发区（头屯河区）第一人民医院
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乌鲁木齐市米东区人民医院
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乌鲁木齐市眼耳鼻喉专科医院 ：
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地址：乌鲁木齐市中山路46号
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特点：公立专科医院，级别为二级甲等。
- 乌鲁木齐市五星截瘫医院 ：
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地址：乌鲁木齐市青年路26号
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特点：民营综合医院，级别为二级甲等。
- 乌鲁木齐市南门第二中医院 ：
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地址：乌鲁木齐市解放路278号
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特点：公立综合医院，级别为二级甲等。
- 乌鲁木齐市精神病院 ：
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地址：乌鲁木齐市碱泉街136号
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特点：公立综合医院，级别为二级甲等。
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新疆乌鲁木齐市人民医院
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新疆乌鲁木齐石化总厂职工医院 ：
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地址：新疆乌鲁木齐市东山区
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特点：拥有职业病科、烧伤科、普外科、传染病科等特色专科。
这些医院在各自的专科领域具有不同的优势，患者可以根据自己的病情和需求选择合适的医院进行就诊。