全国治疗甲状腺肿瘤比较好的三甲医院有：
- 四川大学华西医院 ：
- 特点 ：外科疾病医疗设施齐全，经验丰富，拥有教育部国家重点学科9个，重点培育学科2个，国家临床重点专科32个，数量名列全国医院第一。
- 首都医科大学附属北京朝阳医院 ：
- 特点 ：集医疗、教学、科研、预防为一体的三级甲等医院，拥有先进的大型医用设备，如1.5T和3.0T核磁共振成像系统、PET-CT等。
- 北京中医药大学第三附属医院 ：
- 特点 ：外科在甲状腺疾病治疗方面具有丰富经验。
- 北京大学人民医院 ：
- 特点 ：综合医院，甲状腺疾病治疗水平高。
- 北京积水潭医院 ：
- 特点 ：以骨科和烧伤科著称，但甲状腺疾病治疗水平也较高。
- 北京协和医院 ：
- 特点 ：普通外科在胰腺疾病、胃肠疾病、胆道疾病、肠外肠内营养、甲状腺疾病等领域独具特色，部分研究处于国内、国际领先水平。
- 复旦大学附属中山医院 ：
- 特点 ：普外科在甲状腺疾病治疗方面具有显著优势，复旦专科榜全国第2名。
- 上海交通大学医学院附属瑞金医院 ：
- 特点 ：甲状腺血管外科在治疗单纯性甲状腺肿、甲状腺腺瘤、甲状腺癌等方面具有显著优势，复旦专科榜全国第5名。
- 华中科技大学同济医学院附属同济医院 ：
- 特点 ：甲状腺乳腺专科是国家级重点学科—普通外科的重要组成部分，集甲状腺乳腺疾病早期诊断、综合治疗、乳腺微创诊断治疗为一体。
- 昆明中研甲状腺医院 ：
- 特点 ：诊疗技术力量雄厚，设备先进，以“精、尖、专”著称。
- 北京丰台广济医院 ：
- 特点 ：专注治疗甲状腺疾病，拥有众多知名中医医师。
- 成都西部甲状腺医院 ：
- 特点 ：西南地区大型专治甲状腺疾病的专科医院，特聘北京三十年临床经验医师团队，擅长诊治多种甲状腺疾病。
- 杭州甲康医院 ：
- 特点 ：擅长利用微波消融治疗甲状腺结节等肿块类甲状腺疾病，中西医结合治疗甲亢、甲减、桥本氏病、甲状腺炎等甲状腺疾病。
这些医院在甲状腺疾病治疗方面都有较高的声誉和专业水平，建议根据具体需求和地理位置选择合适的医院进行治疗。