喀什地区拥有以下国家级医院：
- 喀什地区第一人民医院 ：
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成立于1934年，是南疆最早的三甲综合医院，也是喀什地区最大、功能最全的综合性三级甲等医院。
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是国家级住院医师规范化培训基地、南疆医疗行业第一个博士后工作站、国家示范医院、国家级高端远程会诊中心、国家级综合医院中医示范医院、国家高级卒中中心、胸痛中心、房颤中心。
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拥有PET-CT等多种现代化先进医疗检查设备，总价值近四亿元。
- 首都医科大学北京儿童医院新疆医院 ：
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又称为国家儿童医学中心，是北京儿童医院依托新疆儿童医院建设的国家儿童区域医疗中心。
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是一家大型三级甲等综合性儿科医院，拥有编制病床970张，年均门诊量约300万人次。
- 中山大学附属喀什医院 ：
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前身是喀什地区第一人民医院，2017年来自广东广州市的中山大学对口援建。
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是南疆地区最大的大型综合三级甲等医院，拥有总院区、疏附广州新城院区以及正在建设的国家传染病区域医疗中心。
- 西安交通大学第二附属医院新疆医院 ：
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又称为西北医院，是西安交通大学第二附属医院依托新疆人民医院建设的国家呼吸区域医疗中心。
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是一所大型综合性国家三级甲等医院。
- 喀什华康医院 ：
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是一所现代化大型二级综合性医院，集预防、保健、治疗、科研为一体。
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拥有国际一流的诊疗设备和多个医技科室。
这些医院在各自的领域具有显著的专业特长和先进的医疗水平，为喀什地区及其周边地区的居民提供了高质量的医疗服务。