合疗报销的方式主要有两种情况，一种是在医院报销，另一种是出院后自己报销，具体如下：
医院报销
直接结算 ：在定点医疗机构住院治疗后，出院时可以直接在医院进行报销结算。患者只需支付自己应承担的部分费用，其余符合合疗报销政策的费用由医院先行垫付，之后医院再与合疗管理部门进行结算。例如，在陕西省的定点医院住院，出院时使用医保卡或合疗本等证件，医院会按照合疗政策直接扣除可报销部分，患者只需结清个人自付部分即可。
一站式报销 ：部分地区实现了合疗、大病保险、民政救助、补充医疗等多重保障的“一站式”报销服务。患者在出院时，医院的信息系统会自动按照相关政策进行各项费用的结算和报销，患者可以一次性完成所有报销手续，无需再分别到不同的部门办理。
出院后自己报销
市外就医 ：如果在市外非定点医疗机构住院治疗，患者需要先全额垫付医疗费用，然后携带相关资料，如出院发票原件、诊断证明书原件、住院费用总清单原件、住院病历复印件和患者的合疗证件等，回到自己所属参合地的合疗管理部门或医保经办机构办理报销手续。
特殊情况 ：对于一些特殊情况，如异地急诊、转诊等，患者可能无法在就医地的定点医疗机构直接进行合疗报销。这种情况下，患者需要在出院后收集好相关资料，按照参合地的规定流程，到当地的合疗管理部门或指定的报销窗口进行手工报销。