在昆明，有几家医院在治疗扁平疣方面享有较高的声誉：
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昆明太医堂皮肤专科 ：这家医院拥有五十年的悠久历史，注重医教研防的全面发展，提供高质量、安全、高效的医疗服务。太医堂以其专业的医疗团队和先进的医疗设备，为患者提供个性化的诊疗方案。
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昆明大滇医院 ：刘祖华主任医师和楚纪伦教授都是该医院的特聘专家，他们在皮肤病的诊断和治疗方面具有丰富的经验，尤其是在牛皮癣、痤疮、脱发、湿疹、扁平疣等皮肤病方面有独特的治疗原则和方法。
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昆明五华红会医院 ：该医院在中西医结合治疗皮肤病方面具有特色，拥有强大的医疗团队和先进的医疗设备。五华红会医院皮肤科在各类皮肤病的治疗上取得了显著成绩，并引进了多种高科技医疗设备，为患者提供精准、高效的治疗。
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昆明锦康皮肤病医院 ：这家医院拥有数十名国内皮肤病临床权威水平的专家，他们在皮肤病的诊疗技术方面精湛，为众多患者带来了健康的福音。
综合考虑各医院的专家背景、诊疗设备和技术水平，昆明太医堂皮肤专科、昆明大滇医院和昆明五华红会医院在治疗扁平疣方面都有较高的专业水平。建议您根据自己的实际情况和需求，选择合适的医院进行就诊。如果条件允许，可以先咨询各医院的专家，了解他们的治疗方案和患者评价，以便做出更合适的选择。