国内质子放疗最好的医院排名如下：
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上海交通大学医学院附属瑞金医院 ：综合实力位于国内前列，拥有先进的质子重离子治疗设备及技术，擅长多种恶性肿瘤的诊治，尤其在肺癌和肝癌领域具有较高的学术影响力。
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复旦大学附属肿瘤医院 ：三级甲等专科医院，致力于肿瘤预防、诊断和治疗研究，质子重离子放射治疗方面处于领先地位，尤其擅长头颈部肿瘤的治疗。
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中国医学科学院肿瘤医院 ：中国领先的癌症防治中心，集医疗、教学、科研于一体，在质子重离子放射治疗领域积累了丰富的经验，能够有效治疗多种类型的实体瘤，如宫颈癌、食管癌等。
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浙江省肿瘤医院 ：三级甲等肿瘤专科医院，专注于肿瘤的早期筛查、精准诊治和康复管理，具备先进的质子重离子放射治疗系统。
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淄博市万杰肿瘤医院质子治疗中心 ：国内第一家质子治疗中心，拥有世界前沿的质子治疗系统，由加速器、束流输运系统等构成，能产生高能质子束，精准治疗体内深部肿瘤。
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河北一洲肿瘤医院质子治疗中心 ：引进了比利时IBA Proteus PLUS质子治疗系统，配备有CBCT图像引导系统、呼吸门控技术、笔形束扫描技术及360°旋转机架，技术先进性、功能完备性以及规模在世界范围内都属上乘水平，尤其擅长儿童肿瘤的治疗。
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上海市质子重离子医院 ：暨复旦大学附属肿瘤医院质子重离子中心，是一所集医疗、科研、教学于一身的现代化、国际化肿瘤中心，以先进肿瘤放射治疗技术——质子重离子放射治疗技术为主要治疗手段。
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华中科技大学同济医院质子放疗中心 ：标志着同济医院在华中地区率先正式进入肿瘤治疗的质子放疗时代，经过41个月紧张建设，成为华中，乃至全国肿瘤患者就近接受国际尖端精准放疗技术的优选。
这些医院在质子放疗领域具有专业的技术和丰富的经验，是国内质子治疗的领军者。建议患者根据自身病情和地理位置选择合适的医院进行治疗。