全国治疗重度抑郁症比较好的三甲医院包括以下几家：
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上海市中西医结合医院 ：这是一家综合性医院，以中西医结合为特色，拥有丰富的治疗经验和完善的医疗设施。
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湖北省中医院 ：这家医院拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备，口碑很好，并且是国家中医药管理局首批全国示范中医院。
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哈尔滨市第一专科医院 ：这是一家专注于精神、心理专科的三级甲等医院，集医疗、教学、科研、康复、预防为一体。
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吉林大学第一医院 ：这是一家在东北地区知名的三甲医院，拥有强大的医疗团队和先进的诊疗设备。
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吉林省中医院 ：这也是一家在东北地区有良好口碑的中医院，拥有丰富的治疗经验和完善的医疗设施。
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首都医科大学附属北京同仁医院 ：这是一家以眼科学、耳鼻咽喉科学为国家重点学科的大型综合三甲医院，疾病医疗设施齐全，治疗经验丰富。
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北京天坛医院 ：这是一家以神经外科为先导，以神经科学集群为特色的综合医院，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
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北京安定医院 ：这是一家专门治疗精神疾病的医院，多种治疗方法可用于抑郁症的治疗。
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上海中医药大学附属龙华医院 ：这家医院中医特色鲜明，中医药在治疗多种疾病方面有显著疗效，同时也有丰富的治疗抑郁症的经验。
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北京中医药大学东直门医院东区 ：这家医院科室齐全，拥有多个国家级重点专科，特别是在脑病科、肺病科、心病科方面有很好的治疗效果。
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北京市房山区中医医院 ：这是一家位于北京的中医医院，拥有多个重点专科，能够为患者提供全面的治疗服务。
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云南省精神病医院 ：这是一家大型精神病专科医院，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备，口碑良好。
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西安交通大学第二附属医院 ：这是一家在西部地区有影响力的三甲医院，拥有丰富的治疗抑郁症的经验。
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西安市精神卫生中心 ：这是一家专注于精神疾病治疗的中心，拥有专业的医疗团队和先进的诊疗设备。
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昆医附二院-附院 ：这是昆明医科大学附属医院的分院，拥有专业的医疗团队和完善的诊疗设施，治疗抑郁症效果显著。
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重庆优眠医院 ：这是一家专注于脑科学研究与数字精神健康领域的高科技临床精神心理专科医院，拥有强大的医疗团队和先进的诊疗设备。
这些医院在治疗重度抑郁症方面都有各自的优势和特色，建议根据个人具体情况和地理位置选择合适的医院进行治疗。