药店不能直接刷医保卡的原因主要有以下几点：
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药店不是医保定点药店 ：只有在医保定点的药店，才能使用医保卡进行购药。如果药店没有与医保机构签订合作协议或未满足资质要求，就无法使用医保卡。
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医保个人账户没有余额 ：使用医保卡购药需要医保个人账户中有足够的余额。如果账户余额不足，就无法使用医保卡支付。
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所购药品不在医保目录范围内 ：医保报销的药品是有范围的，并非所有药品都可以通过医保卡购买。如果购买的药品不在医保目录范围内，就需要自费。
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医保类别不同 ：我国医保分为职工医保和居民医保。居民医保没有个人账户，只有统筹账户，因此无法在药店刷卡购药。只有参加职工医保的人，医保才会有个人账户，才能在药店刷卡使用。
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药店不愿意刷医保卡 ：有些药店可能因为医保直接支付差价较大、刷卡作业不支持信息化或刷卡程序复杂繁琐等原因，不愿意接受医保卡支付。
综上所述，药店不能直接刷医保卡的原因可能包括药店资质、医保账户余额、药品目录、医保类别以及药店自身政策等多方面因素。建议参保人在购药时，先确认药店是否为医保定点药店，并了解自己医保账户的余额和所购药品是否在医保范围内，以确保能够顺利使用医保卡支付。