南京一日游最佳路线推荐如下：
- 神策门—玄武门—台城—九华山 ：
- 这条线路以游览城墙为主，从神策门至太平门的这段城墙是南京明城墙的最精华路段，可以零距离欣赏神策门、玄武湖、玄武门等景致，也可以远眺鸡鸣寺、九华山、紫金山等景色。
- 总统府—台城—玄武湖 ：
- 可以乘坐南京观光车2号线，上行路线为总统府—台城—玄武湖，运营时间为9:30--16:30，发车间隔为1小时，票价为3元/人次。下行路线为武湖—台城—总统府，运营时间为10:00--16:00，发车间隔为1小时，票价为3元/人次。
- 中山陵—总统府—六朝博物馆—江宁织造府 ：
- 可以乘坐南京观光车1号线，上行路线为江宁织造府--六朝博物馆--总统府--中山陵，运行时间为9:30--16:30，发车间隔为30分钟，票价为3元/人次。下行路线为中山陵—总统府—六朝博物馆—江宁织造府，运营时间为10:00--16:30，发车间隔为30分钟，票价为3元/人次。
- 总统府—夫子庙 ：
- 可以乘坐南京观光车3号线，上行路线为总统府—夫子庙，运营时间为9:30--17:00，发车间隔为30分钟，票价为3元/人次。下行路线为夫子庙—总统府，运营时间为9:30--16:30，发车间隔为30分钟，票价为3元/人次。
- 瞻园—老门东—中华门城堡—大报恩寺—雨花台 ：
- 可以乘坐南京观光车5号线，上行路线为瞻园—老门东—中华门城堡—大报恩寺—雨花台，运营时间为9:30--16:30，发车间隔为30分钟，票价为3元/人次。
- 熙南里—瞻园—云章公所—老门东—白鹭洲公园—夫子庙秦淮河 ：
- 熙南里街区建筑延续南京现存面积最大、保存最完整的清代私人住宅“甘熙故居”的建筑风格，粉墙黛瓦、花格窗随处可见。瞻园是南京现存历史最久的明代古典园林，江南四大名园之一。云章公所是旧时南京云锦织造业的行会，如今已有百年历史。老门东是南京传统民居聚集地，自古就是江南商贾云集、人文荟萃、世家大族居住之地。白鹭洲公园是明朝永乐年间是开国元勋中山王徐达家族的别墅。夫子庙秦淮河是南京最有名的河流，沿岸有许多历史建筑和文化景点。
- 南京博物院—总统府—南京六朝博物馆 ：
- 南京博物院可以早点去，节假日人会比较多，早去一方面可以节省排队时间，另一方面在馆内逛展的时候会有比价好的体验感。之后去打卡南京总统府，再去和总统府距离很近的六朝博物馆。
- 中山陵—明孝陵景区—夫子庙秦淮河风光带 ：
- 上午先去中山陵，下午参观明孝陵，晚间可以到南京最繁华的夫子庙逛逛夜市或者泛舟秦淮河上赏夜景。
- 南京博物院—总统府—南京六朝博物馆 ：
- 南京博物院可以早点去，节假日人会比较多，早去一方面可以节省排队时间，另一方面在馆内逛展的时候会有比价好的体验感。之后去打卡南京总统府，再去和总统府距离很近的六朝博物馆。
根据以上推荐，建议选择一条包含历史建筑、自然风景和现代都市元素的路线，以全面体验南京的历史底蕴和现代风貌。例如，可以选择从总统府出发，游览中山陵和明孝陵，下午前往夫子庙和秦淮河，晚上可以逛逛老门东和熙南里，感受南京的夜生活和文化氛围。