灵活就业医疗保险在医院的使用流程如下：

1. 挂号就诊 ：

• 携带本人的身份证和医保卡等相关证件，按照正常流程在医保定点医院挂号就诊。

2. 医生诊断 ：

• 医生会根据病情进行诊断，并开具相应的处方和检查项目。

3. 缴费结算 ：

• 在缴费时，通过医保卡进行结算，系统会自动计算报销金额和个人自付金额。报销部分会自动扣除。

• 需要注意的是，在门诊报销方面，灵活就业者首先需要确保自己已经参加了灵活就业医保，并按时缴纳了相应的医保费用。当需要就医时，可以选择前往与医保机构签订了合作协议的定点医疗机构就诊。就诊时，需携带身份证、医保卡进行挂号，并告知医务人员自己为医保参保人，以便记录并使用医保系统结算。

4. 领取票据 ：

• 保存好缴费的票据和相关凭证，以备后续查询和报销使用。可以在医院查，也能通过当地医保部门的官方网站或服务热线查。

5. 异地就医 ：

• 若发生慢性病或特殊病种门诊，需提前向医保部门申请认定并备案，经审核通过后，相关医疗费用可按照特殊病种门诊待遇进行报销。

• 对于住院报销，流程相对复杂一些。当需要住院治疗时，需在入院时主动出示医保卡、身份证等证件，医院将据此办理医保入院手续。按照医院要求预交一部分押金，此部分押金将在出院结算时抵扣医疗费用。对于部分重大手术或者高额医疗费用，可能需要经过医保部门的事前审批。

6. 出院结算 ：

• 出院时，医院会出具详细的住院费用清单，其中包括医保范围内可报销的部分和自费部分。医保系统会根据医保政策对医保目录内费用进行实时结算，参保人只需支付剩余的自费部分。

• 部分情况下，如异地就医等情况，可能无法实时结算，此时需自行垫付全部费用，然后携带相关材料（如住院发票、费用明细单、出院小结、医保卡复印件等）到参保地医保经办机构办理手工报销。

建议：

• 灵活就业人员在使用医保时，应提前了解当地的具体政策和规定，以确保能够顺利享受医保待遇。

• 在住院期间，尽量保留好所有相关的医疗费用票据和清单，以便在出院后进行报销。

• 对于特殊病种或慢性病，应及时向医保部门申请认定和备案，以便享受相应的医保待遇。