在中国，治疗呼吸道疾病最好的医院包括以下几家：
- 广州医科大学附属第一医院 ：
- 该医院的呼吸内科是集临床、教学、科研及管理为一体的学科，拥有钟南山院士等顶尖学科带头人。该科室设有多个亚专科，包括感染性疾病治疗组、慢性气道疾病治疗组、肺部肿瘤治疗组等，是全国治疗呼吸系统疾病最好的医院。
- 北京中日友好医院 ：
- 该医院的呼吸与危重症医学科（PCCM科）是国家呼吸医学中心、国家呼吸疾病临床医学研究中心，拥有从呼吸疾病早期预防到终末期肺病肺移植全程的“促防诊控治康”体系。该科室在多个呼吸系统疾病领域处于国内领先地位，并在国际上具有较大影响力。
- 四川大学华西医院 ：
- 华西医院呼吸内科是全国床位数最多的呼吸与危重症医学科之一，是四川省呼吸疾病临床研究中心，也是国家临床重点专科。该科室主要诊断和治疗内科和呼吸系统的常见病、多发病，如肺炎、慢阻肺、肺心病、哮喘等。
- 北京协和医院 ：
- 北京协和医院的呼吸科拥有强大的专家团队，包括王孟昭、李龙芸、肖毅等著名专家，是国内呼吸与危重症领域的重要力量。
- 复旦大学附属中山医院 ：
- 该医院的呼吸科由呼吸科泰斗吴绍青教授创建，历史悠久，经验丰富，是国内呼吸系统疾病治疗的重要基地。
- 上海交通大学附属瑞金医院 ：
- 瑞金医院的呼吸科有72年历史，现任院长瞿介明是该领域的专家，医院在呼吸系统疾病治疗方面具有较高声誉。
- 中国医科大学附属第一医院 ：
- 该医院的呼吸科在呼吸系统疾病治疗方面也有显著成就，是东北地区呼吸疾病治疗的重要医院。
- 华中科技大学附属同济医院 ：
- 同济医院的呼吸科在临床和科研方面均有较高水平，是中部地区呼吸疾病治疗的重要基地。
- 首都医科大学附属朝阳医院 ：
- 朝阳医院的呼吸科在呼吸系统疾病治疗方面也有较好的口碑和较高的诊疗水平。
这些医院在呼吸系统疾病治疗方面均具有很高的声誉和专业水平，建议根据具体病情和地理位置选择合适的医院进行就诊。