北京积水潭医院最擅长的科室包括骨科、烧伤科、手外科、运动医学科和心血管内科。
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骨科 ：积水潭医院的骨科是其金字招牌，拥有多个亚科室如创伤骨科、脊柱外科、手外科、矫形骨科（骨与关节疾病诊疗中心）、小儿骨科和骨肿瘤科等。该科室在国内外享有很高的声誉，特别是在计算机辅助骨科手术和骨科机器人技术方面取得了突破性进展。
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烧伤科 ：积水潭医院的烧伤科在国内具有很高的地位，早期开展白内障人工晶体置换手术，并在国内率先开展马体手术，推动了眼科学科的发展。
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手外科 ：手外科被誉为“中国手外科的摇篮和发源地”，由“中国手外科之父”王澍寰院士创建，完成了多项“世界第一例”和“中国第一例”的手术。
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运动医学科 ：运动医学科在国内首屈一指，开展了大量的开创性工作，填补了多项技术空白，其中一部分属于国际首创。科室擅长处理常见的运动损伤，如韧带损伤、半月板修复等，还在肩关节置换、髋关节撞击症等复杂病例上积累了丰富的临床经验。
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心血管内科 ：积水潭医院心血管内科是国内早期开展冠心病、高血压等疾病的诊治临床研究的单位之一，被誉为国内心血管疾病治疗的“一流品牌”。
这些科室在各自的领域内均保持着全国领先的地位，并且医院拥有强大的医疗实力和专业的科室设置，为患者提供全面的诊疗方案。