潜伏期通常为 2-15 天（平均 5-7 天），发病后可分为三个阶段，从症状出现到死亡平均仅 3-7 天。
食脑虫病起病急、进展快，感染初期症状类似上呼吸道感染，随着病情发展，中枢神经系统症状会逐渐凸显，还会出现神经功能异常，严重时可快速进展至昏迷、呼吸衰竭甚至死亡。具体如下：
一、感染初期（1-2 天）
出现类似上呼吸道感染的症状：
- 头痛：通常为剧烈、持续性头痛。这种头痛程度较为严重，普通止痛药物往往难以缓解，与一般感冒头痛明显不同。
- 发热：体温一般在 38 - 40℃ 。发热程度较高，且可能伴随畏寒等全身性不适。
- 其他症状：可能出现鼻塞、咽痛情况，同时伴有全身不适、乏力，容易被误认为是普通的感冒症状而被忽视。
二、病情进展期（2-5 天）
中枢神经系统症状及神经功能异常表现突出：
- 头痛与呕吐加剧：剧烈头痛进一步加重，呕吐呈喷射性。这是由于颅内压升高导致，喷射性呕吐与普通胃肠道不适引起的呕吐在表现形式上有明显差异。
- 脑膜刺激征出现：表现为颈部僵硬，患者在试图低头时，颈部会有明显的抵抗感和疼痛感，同时可能伴有畏光症状，在光线刺激下不适感加重。
- 神经功能异常：
- 嗅觉味觉异常：因嗅神经受损，患者可能出现嗅觉减退、丧失，或味觉异常，比如吃东西感觉味道与平常不同。
- 抽搐：部分患者会出现肢体或面部的抽搐症状，这是由于脑部神经受到损伤，导致神经异常放电引起。
- 肢体麻木无力：患者会感到肢体麻木，活动时力量减弱，严重时可能影响正常行走和肢体活动。
- 意识模糊：对周围环境的感知能力下降，思维不清晰，可能出现胡言乱语、定向力障碍等表现。
三、病情终末期（1-2 天）
病情迅速恶化，危及生命：
- 昏迷：患者陷入昏迷状态，对外界刺激反应迟钝或无反应。
- 癫痫持续状态：频繁发作癫痫，且发作持续时间较长，难以自行缓解，这会进一步加重脑部损伤。
- 呼吸衰竭：呼吸功能逐渐减弱，表现为呼吸频率、节律和深度的改变，最终因呼吸功能丧失而死亡。通常从症状出现到死亡平均仅 3 - 7 天，病程进展极为迅速。
食脑虫感染的症状凶险，从疑似感染到病情恶化十分迅速。若在玩水后出现上述可疑症状，务必立即就医，向医生详细告知玩水经历，以便及时诊断和治疗。