感染阿米巴食脑虫后，起病急、进展快，潜伏期通常为 2-15 天（平均 5-7 天），可分为三个阶段。
感染阿米巴食脑虫后，初期症状类似上呼吸道感染，有剧烈且持续性的头痛、38-40℃的发热、鼻塞、咽痛，同时伴有全身不适、乏力。随着病情发展，中枢神经系统症状凸显，剧烈头痛进一步加重，出现喷射性呕吐、颈部僵硬（脑膜刺激征）、畏光、烦躁。还会出现神经功能异常，因嗅神经受损导致嗅觉 / 味觉异常，出现抽搐、肢体麻木或无力、意识模糊。最终，病情会快速进展为昏迷、癫痫持续状态、呼吸衰竭，最终因脑水肿、脑疝死亡，从症状出现到死亡平均仅 3-7 天。
一、初期症状
- 发热：体温可升高至 38℃ - 40℃，这是身体免疫系统对病原体入侵的一种反应 。发热程度较高且会持续一段时间，不像普通感冒发热可能在短时间内有所缓解。
- 头痛：多为剧烈的持续性头痛，和普通头痛不同，这种头痛往往较为顽固，服用一般的止痛药物难以缓解。例如，患者可能会描述头痛像有东西在脑袋里不断撞击，严重影响日常活动。
- 上呼吸道症状：出现鼻塞、咽痛，类似普通上呼吸道感染症状。但普通感冒的上呼吸道症状可能会随着时间推移逐渐减轻，而感染阿米巴食脑虫后的上呼吸道症状会持续存在，并随着病情进展愈发严重。
- 全身不适与乏力：患者会感到全身没有力气，精神状态差，做任何事情都提不起劲，即使经过充分休息，乏力感也难以消除。
二、进展期症状
- 神经系统症状加重
- 头痛加剧：相较于初期头痛，此阶段头痛程度更甚，患者可能会难以忍受，常伴有头部血管跳动感，严重影响睡眠和日常生活。
- 呕吐：多表现为喷射性呕吐，与胃肠道疾病引起的呕吐不同，喷射性呕吐不伴有恶心等前驱症状，呕吐物会呈喷射状吐出，这是由于颅内压升高导致的。
- 颈部僵硬：脖子活动受限，向各个方向转动时都会感到明显的阻力和疼痛，严重时甚至无法正常低头或抬头，这是脑膜受到刺激的表现。
- 畏光与烦躁：患者对光线变得极为敏感，即使是正常室内光线也会觉得刺眼难受，同时情绪变得烦躁不安，容易被激怒，无法安静下来。
- 神经功能异常
- 嗅觉味觉异常：由于嗅神经受损，患者可能会闻到或尝到不存在的气味和味道，或者对原本熟悉的气味和味道感知出现偏差，如食物尝起来味道奇怪，或者闻到空气中有莫名的异味。
- 抽搐：部分患者会出现肢体抽搐症状，表现为局部或全身性的肌肉不自主收缩，严重程度和发作频率因人而异，抽搐可能会突然发生，导致患者摔倒等意外情况。
- 肢体麻木或无力：患者会感到肢体部分区域麻木，感觉减退，同时肌肉力量下降，可能出现拿东西不稳、走路摇晃、上下楼梯困难等情况。
- 意识模糊：对周围环境的感知能力下降，反应迟钝，回答问题不切题，可能会出现时间、地点、人物定向障碍，例如不知道自己身处何地，不认识熟悉的人等。
三、晚期症状
- 昏迷：患者陷入深度昏迷状态，对外界刺激几乎没有反应，无法自主睁眼、言语或做出有意识的动作，此时病情已经非常危急。
- 癫痫持续状态：癫痫频繁发作且持续时间长，发作间隙患者意识也不能恢复正常，长时间的癫痫发作会进一步加重脑部损伤。
- 呼吸衰竭：脑部受损影响呼吸中枢功能，导致呼吸变浅、变慢，或出现呼吸节律不规则，最终可能因呼吸功能丧失而危及生命。
阿米巴食脑虫感染症状严重且进展迅速，从初期类似感冒症状，很快进展到严重的神经系统症状，最终危及生命。一旦怀疑有感染可能，需立刻就医。