为预防肿瘤复发，术后二十四小时内，应行膀胱灌注化疗和维持膀胱灌注化疗。膀胱癌电切术后的灌注治疗有很多种药物，主要分为两大类，一类是免疫制剂，包括卡介苗、干扰素、白介素等。另一类就是化疗药物。所有药物均需要用生理盐水50~60毫升，稀释以后对膀胱内保留灌注，每周灌一次，八次以后改为每月灌一次，灌注时间为一到两年的时间。
从目前的研究结果来看，原位癌及高度恶性的表浅性的膀胱癌，灌注治疗上首选卡介苗。因为国内现在某些原因，没有很正规的灌注卡介苗，所以目前临床上主要使用化疗药物。后者对于大部分的表浅性的膀胱癌来讲，治疗效果基本上等同于这些卡介苗的疗效。卡介苗目前在国内也主要应用于预防婴幼儿的结核，但剂量显然与膀胱灌输用的相差很大。膀胱灌注化疗的主要不良反应是化学性的膀胱炎。
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