甲亢病因极为复杂，对健康有严重的伤害。甲亢的具体病因还不明确，但可能跟遗传、自身免疫、环境等因素有关。
在遗传因素上，我们要知道甲亢是一种多基因遗传性疾病。患者在基因层面上甲状腺素合成与分泌的功能缺陷和障碍，是可以遗传给下一代的。尤其遗传给女性子代最为常见。
在自身免疫方面，有大量的甲亢患者是由于自身免疫系统障碍导致的。如患者出现自身免疫性疾病、自己的免疫细胞攻击自己的器官，这样的机制下，最终导致了甲亢。所以甲亢患者的自身免疫抗体检测结果是阳性的。
环境因素主要包括各种诱发甲亢病因的因素，比如说创伤、精神刺激、压力、细菌感染、性激素异常、摄碘过多等等。
甲状腺功能亢进症和激素之间有一定的关系的。女性往往在妊娠早期因为人绒毛膜促性腺激素水平的升高，诱发妊娠相关性甲亢， 在妊娠中后期，人绒毛膜促性腺激素水平下降后，大多数妊娠相关性甲亢是可以自行缓解的。甲状腺激素增多也拮抗胰岛素，容易诱发血糖升高甚至糖尿病。
在各种外界因素引起的甲状腺疾病，精神刺激是一个主要的诱发因素。精神刺激可以促进自身免疫性疾病的发生发展，焦虑，愤怒，压力，抑郁都会诱发甲亢。
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