​​特殊病种的医保起付线因地区和医保类型（职工/居民）而异，部分病种甚至可免起付线。​​ 职工医保起付线通常在200元至1200元之间，居民医保的起付线多为200元至500元，但部分地区高级别医院或特定病种的起付线更高。

职工医保的起付线标准因病种和医疗机构级别而变化。例如，青岛职工医保的门诊慢特病起付线为社区200元、一二级医院200元、三级医院500元至1000元（如青医附院等），但严重精神障碍患者及部分病种（如尿毒症透析、器官移植抗排异治疗等）取消起付线，且一个年度内住院与门诊慢特病共用起付线。蚌埠市职工医保的门诊特殊慢性病起付标准则为1200元（与常见慢病合并计算）。异地就医或特定病种（如恶性肿瘤）可能涉及更高的门槛，需叠加年度限额管理。

居民医保的起付线普遍低于职工医保。青岛居民医保的一级至三级医院起付线为200元、200元、500元至1000元（部分三级医院），且与职工医保类似，特殊病种（如精神病、尿毒症透析）可免起付线。蚌埠市居民医保的单次起付线为当次费用的10%，年度累计不超过定点医院的住院起付线。部分地区的特殊病种（如器官移植抗排异）可能与住院费用合并计算，不单独设限。

罕见病及高价特效药病种的起付线政策更具倾斜性。例如，青岛将银屑病等纳入单独支付管理，部分病种取消起付线；蚌埠则对法布雷病等43种重特大疾病设置数万元至百万余元的限额保障，但起付线规则灵活，部分病种按住院标准执行。异地长期居住的职工若患多种甲类病种，支付限额可能额外提升（如最高至4500元）。

参保人需综合关注两方面：一是起付线的金额与豁免条件，二是起付线与年度限额的联动关系。以恶性肿瘤为例，两地均将其纳入免起付线范围，且费用可与住院合并计算，实际报销门槛更低。建议提前查询本地医保目录，确认具体病种的起付线细则及高值药品的专项政策。