昆明胃肠科最好的医院包括昆明医科大学第一附属医院、云南省第一人民医院和昆明市中医医院，这些医院均具备国家级临床重点专科、先进诊疗设备以及经验丰富的专家团队，在消化道早癌诊治、内镜微创技术、中医药特色治疗等方面形成突出优势。
昆明医科大学第一附属医院是昆明胃肠疾病诊疗的标杆机构，其消化内科为国家临床重点专科及住院医师规培基地，擅长消化道早癌内镜下切除、胰腺疾病及幽门螺杆菌感染治疗，依托沈祖尧院士工作站及云南省消化病研究所，在技术创新与科研实力上表现卓越。云南省第一人民医院（昆华医院）以胃肠镜下微创技术见长，如内镜黏膜下剥离术（ESD）、超声内镜引导穿刺活检术等，其胃肠专科配备完善设备并融合多学科诊疗模式，对慢性乙肝及功能性胃肠病伴心理障碍的联合治疗具有丰富经验。昆明市中医医院脾胃病科突出中医药特色，将针灸、药浴等外治法与传统汤剂结合，在慢性胃炎、肠易激综合征等慢性病调理中疗效显著，尤其针对脾胃虚弱患者提供个性化调理方案。
其他值得关注的医院包括昆明市第二人民医院，其胃肠外科专注于结直肠肿瘤的早期筛查与微创手术，可处理巨球蛋白血症等复杂病症；解放军联勤保障部920医院（原四十三医院）在内镜下胆总管结石取出、食管异物处理等微创领域表现突出。若患者需儿童胃肠病治疗，昆明市儿童医院提供针对性诊疗服务。昆明医科大学第二附属医院消化内科依托重症医学支撑，在消化道出血急救及重症胰腺炎管理中经验丰富。
患者选择时应综合考虑医院专科评级、技术专长及个人就医需求，三级甲等综合医院的胃肠科通常具备更全面的诊疗能力与应急保障，而中医医院则适合希望接受非药物治疗或调理慢性疾病的患者。