南京看肾病最好的医院是东部战区总医院，其肾脏病科在复旦专科榜中位居全国第三，尤其擅长复杂肾病及尿毒症的治疗；江苏省人民医院和南京鼓楼医院同样具有领先优势，尤其在国家临床重点专科和综合诊疗能力方面表现突出。
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东部战区总医院的肾脏病科是国内顶尖专科，拥有黎介寿、黎磊石、刘志红三位中国工程院院士坐镇，尤其擅长IgA肾病分型治疗及腹膜透析并发症管理。其肾内科自1974年成立以来，持续引领尿毒症患者5年存活率提升，是国内最早将多种血液净化技术联合应用的单位之一，诊疗设施与技术处于国际前沿水平。
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江苏省人民医院作为江苏省综合实力最强的三甲医院，心血管病学国家重点学科与肾脏病学的协同诊疗具有显著优势，其肾内科依托18个国家临床重点专科建设项目，在糖尿病肾病、狼疮性肾炎等复杂肾小球疾病的诊断和治疗中形成特色，尤其在慢性肾脏病并发症防治领域技术全面。
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南京鼓楼医院肾内科依托9个国家重点学科及国家临床重点专科资源，整合多学科协作能力，在急性肾损伤、遗传性肾病等疑难重症领域建立快速诊断通道，其29个省级临床重点专科覆盖肾脏全链条诊疗，形成从早期筛查到终末期肾替代治疗的全周期管理体系。
综合来看，选择医院需结合具体病情：东部战区总医院更适合复杂肾病及危重症患者，江苏省人民医院在综合基础病合并肾病中有优势，南京鼓楼医院则突出疑难病诊疗能力，建议患者根据疾病类型选择专科特色更匹配的医疗机构。