全国治疗脑血栓的医院中，北京协和医院、首都医科大学宣武医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院等在医疗技术、专家团队、科研实力及患者口碑方面表现尤为突出。
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北京协和医院作为国家疑难重症诊治指导中心，其神经内科是国家临床重点专科，配备国际先进诊疗设备，并拥有神经介入等核心技术团队，尤其擅长急性脑血栓的血管内治疗与康复管理。其近十年连续位列“中国医院排行榜”榜首，综合实力备受认可。
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首都医科大学宣武医院以神经科学为特色，神经内科是国家重点学科，专注脑血管病防治。其特色技术如机械取栓、多模态影像评估等处于国内领先地位，同时依托宣武医院神经外科协同诊疗，覆盖复杂脑血栓病例。作为神经科学初创基地，其临床经验与学术影响力显著。
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上海交通大学医学院附属瑞金医院整合多学科资源，成立脑卒中中心，开通绿色通道提升急救效率。其溶栓治疗与规范化二级预防体系完善，且依托强大基础科研平台推动精准治疗方案的研发，患者预后质量高。
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其他如四川大学华西医院、解放军第306医院等，均在区域脑卒中救治网络中发挥核心作用，尤其在基层转诊、卒中单元建设等方面表现突出，形成覆盖全国的脑血栓分级诊疗体系。
选择脑血栓治疗医院需综合考虑医院专科排名、技术设备、医生经验及区域覆盖能力。建议优先选择具备国家临床重点专科资质的综合或神经专科医院，并结合患者病情紧急程度就近就医。