广州在免疫系统疾病诊疗方面表现突出的医院如下：
一、综合实力强的大型三甲医院
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广州医科大学附属第一医院
- 集医疗、教学、科研于一体，设备先进，团队专业，在免疫功能障碍诊疗方面具有较高水平，且开展多项临床研究项目。
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中山大学附属第三医院
- 全国三级甲等综合性医院，免疫学研究和临床实践处于领先地位，擅长自身免疫性疾病诊疗，拥有丰富成功案例。
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广东省人民医院
- 三级甲等综合医院，提供全面免疫系统疾病诊疗服务，团队经验丰富，技术力量雄厚。
二、专科特色突出的医院
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广州强直类风湿医院
- 专注类风湿关节炎等风湿免疫疾病，经卫健委审批，配备专业诊疗设备，提供精准个性化治疗方案，尤其在早期诊断和中晚期综合治疗方面表现突出。
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广州中医药大学第一附属医院
- 中西医结合特色鲜明，拥有14个国家中医药管理局重点专科，包括风湿病科，采用传统与现代技术结合疗法，适合免疫系统疾病的中医诊疗需求。
三、其他推荐医院
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南方医科大学南方医院 ：综合实力强，风湿免疫科在华南区排名前列，适合多类型免疫系统疾病诊疗。
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广州市第一人民医院 ：三级甲等综合医院，风湿免疫科历史悠久，技术成熟。
总结 ：若需综合免疫系统疾病诊疗，优先选择广州医科大学附属第一医院、中山大学附属第三医院或广东省人民医院；若侧重类风湿关节炎等风湿免疫疾病，可考虑广州强直类风湿医院或广州中医药大学第一附属医院。