违法
生育津贴被公司扣除属于违法行为，具体分析如下：
一、生育津贴的发放原则
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直接发放给个人
根据《女职工劳动保护特别规定》第五条和《中华人民共和国社会保险法》第五十四条，生育津贴应直接发放给女职工个人，由生育保险基金支付，单位无权扣除。
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与工资的关系
若单位以“补差”名义扣除生育津贴，可能涉及以下问题：
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若扣除后实际发放金额低于女职工产假前工资，单位需补足差额；
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若单位以“垫付”名义扣除，需在生育津贴到账后及时足额发放。
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二、违法情形与救济途径
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直接扣除行为违法
无论何种理由，单位无权直接扣除生育津贴。若发现被扣，可立即通过以下方式维权：
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协商解决 ：与单位沟通要求补发；
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投诉举报 ：向当地劳动监察部门投诉；
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仲裁诉讼 ：向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院起诉。
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特殊情形处理
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单位垫付责任 ：若单位以垫付名义扣除，需提供完整垫付凭证，否则可能被认定为未依法履行支付义务；
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未参保情况 ：若单位未为女职工缴纳生育保险，产假工资应由单位直接支付，不得以生育津贴名义扣留。
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三、注意事项
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保留证据 ：保存劳动合同、工资条、生育津贴发放记录等材料，作为维权依据；
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时效性 ：劳动争议仲裁时效为一年，建议尽早维权。
生育津贴被扣属于违法行为，女职工应依法维护自身权益。