在贵州毕节，当社保基数设定为16400元时，个人所得税的扣除将基于工资收入减去五险一金后的余额进行计算。 关键亮点在于了解当地社保缴纳比例以及个税起征点和适用税率，这对于准确计算实际到手工资至关重要。

需要明确的是，贵州毕节地区的社保缴费比例对于养老保险、医疗保险、失业保险等都有明确规定。以养老保险为例，单位承担的比例是16%，而个人承担8%；医疗保险方面，单位和个人分别承担6.5%和2%。这意味着，若社保基数为16400元，则个人每月需缴纳养老保险1312元（16400×8%），医疗保险328元（16400×2%）等，总计个人社保扣款约为1700多元。

了解个税起征点和税率表也是关键步骤之一。目前，个税起征点为3500元，在此基础之上，根据超额累进税率来计算应纳税额。具体而言，工资薪金所得扣除三险一金后月收入超过3500元的部分才开始计税。假设某员工月收入为20000元，扣除上述社保费用后，剩余可支配收入用于计算个税。

考虑具体的税率应用。例如，对于超过3000元至12000元的部分适用3%的税率，超过12000元至25000元的部分则适用10%的税率等。针对上述案例中的员工，其应纳税所得额大约为14000元（20000-3500-1700），按照相应的税率累加计算出最终应缴税款。

值得注意的是，除了基本的五险一金外，部分地区还可能存在其他附加扣除项目，如企业年金、商业健康保险等，这些都会影响到最后的实际扣税金额。随着国家政策调整，相关税率及扣除标准也可能发生变化，因此建议定期关注官方发布的最新信息以确保计算准确性。

贵州毕节社保基数设为16400元时，个人所得税的具体扣除不仅取决于该基数下的社保费用，还需结合个税起征点与适用税率综合考量。合理规划个人财务，及时掌握政策变动，有助于更好地管理个人收支状况。