四川凉山社保基数为16400元时的个人所得税计算需要考虑五险一金的扣除以及可能的专项附加扣除。以下是详细的计算步骤：
五险一金扣除计算
- 养老保险：8%（1232元）
- 医疗保险：2%（328元）
- 失业保险：0.5%（82元）
- 工伤保险：0%（个人不需缴纳）
- 生育保险：0%（个人不需缴纳）
- 住房公积金：假设缴纳比例为12%（1968元）
总扣除额 = 1232 + 328 + 82 + 1968 = 3610元
应纳税所得额计算
应纳税所得额 = 社保基数 - 五险一金 - 起征点（5000元） = 16400 - 3610 - 5000 = 7790元
个人所得税计算
根据现行税率表，7790元落在第3级税率区间（超过12000元至25000元的部分，税率为20%），速算扣除数为1690元。
应缴个人所得税 = 3000元 × 3% + (7790元 - 3000元) × 20% = 90元 + 4790元 × 20% = 90元 + 958元 = 1048元
实际到手工资估算
实际到手工资 = 工资 - 五险一金 - 个人所得税 = 16400 - 3610 - 1048 = 11742元
请注意，以上计算仅供参考，实际扣税金额可能因单位申报数据及政策调整而有所不同。建议通过个税APP或咨询当地社保局核实具体扣除信息。