医保的缴费是由税务局统一征收，但资金最终会进入医保基金专户，用于医疗保障支出。税务部门仅负责代收，不直接管理医保资金。
目前，全国大部分地区的医疗保险费（包括职工医保和居民医保）均已划转至税务部门征收，这是自2018年国地税改革后的统一部署，目的是提高社保费的征缴效率和规范性。企业职工的医保费用由用人单位和员工共同缴纳，通过税务系统申报并扣款；灵活就业人员和城乡居民则可自行通过税务平台、银行网点或线上渠道完成缴费。不过，部分地区可能存在过渡政策，如机关事业单位或特殊群体的医保仍由社保经办机构负责征收。
从缴费流程来看，税务部门负责接收参保人或企业提交的申报信息并划扣资金，但实际资金管理由医保部门和财政部门共同负责。税务系统完成征收后，资金会进入财政专户，按国家规定的比例分配至各地医保基金账户，确保专款专用。缴费基数、参保登记等基础性工作仍由人社或医保部门完成，税务部门主要履行代收职能。虽然缴费环节与税务局直接关联，但医保资金的使用和管理仍独立于税务机关。
需要注意的是，不同地区的具体执行方式可能存在差异，比如部分地区允许通过社保局或银行代收，但最终资金流向仍是医保基金。建议参保人在缴费前通过12366税务热线或当地社保、医保部门确认政策细节，避免因信息偏差影响保障权益。