农村合作医疗在市里医院是可以报销的，但具体条件和比例依据地区政策有所不同。 在大多数情况下，只要是在指定的定点医疗机构就诊，并遵循相应的转诊程序，无论是门诊还是住院治疗，参保人员均有机会享受报销待遇。

关于门诊报销，村卫生室及村中心卫生室的门诊费用可以按照60%的比例进行报销，而镇卫生院则为40%。这意味着，如果选择市级医院作为定点医疗机构，其门诊费用也是有可能被纳入报销范围内的。不过，值得注意的是，不同地区的报销比例和限额可能会有所差异，因此建议事先咨询当地医保部门以获取最准确的信息。

对于住院治疗而言，在市内定点医疗机构发生的住院费用通常可以直接在出院时结算报销。例如，在市区二级甲等医院（如人民医院、中医院）的起付线为400元，超过起付线的合规费用按规定的比例报销。而在跨市就医的情况下，若因工作或生活需要在非户籍所在地的城市接受住院治疗，则需提前向户籍所在地基层医院申报备案，并在出院后按规定提交相关材料至当地的新农合管理部门进行报销。

针对特殊病种门诊费用，比如癌症、尿毒症等重大疾病，报销比例可适当提高，部分地区甚至不设起付线。这表明，即便是患有慢性病或其他需要长期治疗疾病的患者，在市级乃至更高级别的医院就诊时也能享受到较高的报销比例。

随着政策的不断调整和完善，新型农村合作医疗保险（新农合）的报销范围也在逐步扩大。如今，它不仅涵盖了传统的门诊和住院补偿，还包括了大病保险以及特定疾病的补助项目。特别是对于一些重特大疾病，如儿童先天性心脏病、肺癌等，新农合的补助病种定额比例达到了70%以上。

为了确保顺利报销，参保人员应当注意保存好所有相关的医疗单据和证明文件，并了解清楚当地的报销流程和时限要求。一般来说，参保人员需要携带身份证、新型农村合作医疗卡等相关证件前往指定地点办理报销手续。考虑到各地的具体操作细节可能存在差异，强烈建议在实际操作前与当地相关部门取得联系，确认最新的报销指南和注意事项。这样不仅能帮助自己更好地利用医疗保障资源，还能有效减轻个人经济负担。