广西南宁社保基数16500元和5000元的区别主要体现在缴费金额、缴费比例以及所涵盖的险种和待遇上。以下是具体的分析：
缴费基数差异
- 缴费基数上限：16500元接近南宁市社保缴费基数上限20268元。
- 缴费基数下限：5000元则低于南宁市社保缴费基数下限4053.6元。
缴费金额差异
- 养老保险：
- 以16500元为基数，个人缴费约为1320元（16500×8%），单位缴费约为3300元（16500×20%）。
- 以5000元为基数，个人缴费约为400元（5000×8%），单位缴费约为1000元（5000×20%）。
- 医疗保险：
- 个人缴费约为81.07元（4053.6×2%），单位缴费约为263.48元（4053.6×6.5%）。
- 以5000元为基数，个人缴费约为100元（5000×2%），单位缴费约为500元（5000×6.5%）。
- 失业保险：
- 个人缴费约为60元（4053.6×0.5%），单位缴费约为20.27元（4053.6×0.5%）。
- 以5000元为基数，个人缴费约为10元（5000×0.5%），单位缴费约为50元（5000×1%）。
缴费比例差异
- 养老保险：单位和个人缴费比例分别为8%和20%。
- 医疗保险：单位和个人缴费比例分别为2%和6.5%（含生育保险）。
- 失业保险：单位和个人缴费比例分别为0.5%和1%。
险种和待遇差异
- 养老保险和失业保险的缴费基数和比例不同，会影响到退休后领取的养老金金额和失业保险金的领取金额。
- 医疗保险的缴费基数和比例不同，会影响到个人医疗账户的金额和医疗费用的报销比例。
总的来说，选择较高的缴费基数虽然会导致个人和单位需要缴纳更多的社会保险费，但未来在领取养老金、享受医疗保险待遇等方面可能会获得更多的保障。相反，选择较低的缴费基数则可以降低当前的缴费负担，但可能会影响到未来的社会保障水平。在选择社保缴费基数时，需要根据个人的经济状况、未来保障需求以及当地的政策规定来综合考虑。