在深圳，灵活就业人员社保基数设定为12400元时，每月个人需缴纳大约868元的社保费用。这一计算基于现行的社保缴费比例，并考虑了养老保险、医疗保险等主要险种的个人缴纳部分。
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养老保险：按照深圳市的规定，灵活就业人员的养老保险缴费比例为20%，其中12%进入统筹基金，8%进入个人账户。以12400元作为缴费基数，每月养老保险个人应缴金额为12400×8%=992元。
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医疗保险：灵活就业人员参加基本医疗保险一档，其缴费比例为7%（阶段性降低至7%），即12400×7%=868元。需要注意的是，这里包含了医保的全部费用，由于医疗保险的个人和单位分担比例不同，实际个人承担的部分会少于这个数。
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失业保险与工伤保险：根据最新的政策，灵活就业人员可以选择是否缴纳失业保险，在此假设不缴纳失业保险。至于工伤保险，则完全由用人单位负责，个人无需缴纳。
当社保基数定为12400元时，灵活就业者主要关注的是养老保险和医疗保险的个人缴纳部分。考虑到医疗保险的实际个人承担比例较低，以及未包含失业保险和个人无需缴纳工伤保险的事实，上述估算提供了大致的个人月度社保支出范围。对于具体的个人情况，建议咨询当地社保机构获取最准确的信息。