​​农村合作医疗住院报销起付线是参保人住院时需自行承担的医疗费用门槛，超过此金额方可按比例报销。2025年最新政策显示，起付线标准因医疗机构级别和地区差异而不同，​​一级医院（如乡镇卫生院）通常为100-200元，二级医院（县级）400-500元，三级医院（市级及以上）700-1000元。报销比例随医院等级升高而降低，但最高支付限额可达10万元，大病保险进一步覆盖高额费用。

不同级别医疗机构的起付线设计体现了分级诊疗导向，乡镇卫生院起付线最低（约100元），鼓励常见病在基层就医；县级医院起付线适中（400-500元），报销比例可达70%-80%；跨市或省级医院起付线最高（1000元），报销比例约50%-60%。部分地区对连续参保者提供激励，如连续缴费5年可享85%的报销比例。

特殊人群如低保老人、慢性病患者享有政策倾斜，部分慢性病门诊报销不设起付线。需注意，报销需在定点医疗机构完成，且费用需符合医保目录范围，自费项目、非转诊异地就医等情形可能无法报销。

建议参保人优先选择基层医疗机构就诊，大病需转诊时及时办理手续以保障报销权益。具体起付线和报销比例请以当地医保部门最新政策为准，可通过官方渠道查询实时数据。