内蒙古锡林郭勒盟社保基数12400和5000的区别主要体现在以下几个方面：
缴费金额
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社保缴费基数12400元：
- 每月个人养老保险缴费金额：12400元 × 8% = 992元
- 每月医疗保险缴费金额：12400元 × 2% = 248元
- 每月失业保险缴费金额：12400元 × 0.5% = 62元
- 每月工伤保险和生育保险由企业全额承担，具体金额取决于行业风险。
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社保缴费基数5000元：
- 每月个人养老保险缴费金额：5000元 × 8% = 400元
- 每月医疗保险缴费金额：5000元 × 2% = 100元
- 每月失业保险缴费金额：5000元 × 0.5% = 25元
- 每月工伤保险和生育保险由企业全额承担，具体金额取决于行业风险。
养老金待遇
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社保缴费基数12400元：由于缴费基数较高，退休后领取的养老金也会相应较高。养老金的计算包括基础养老金和个人账户养老金，缴费基数越高，个人账户积累越多，退休后每月领取的养老金也越高。
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社保缴费基数5000元：缴费基数较低，退休后领取的养老金也会相对较低。同样，养老金的计算与缴费基数直接相关，基数越高，个人账户积累越多。
医保待遇
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社保缴费基数12400元：职工医保个人账户划入金额与缴费基数相关，基数越高，账户余额越多。高基数缴费可能享受更高的医保报销比例。
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社保缴费基数5000元：医保个人账户划入金额相对较少，报销比例也可能较低。
需要注意的是，以上内容仅供参考，具体的社保待遇还需根据当地政策和个人的实际情况来确定。