内蒙古乌兰察布社保基数20000和5000的主要区别在于缴费金额、养老金待遇以及医疗报销额度等方面。

• 缴费金额差异：社保基数20000时，个人和单位缴纳的社保费用都会更高。以养老保险为例，若缴费比例为个人8%、单位16%，那么每月个人需缴纳20000×8% = 1600元，单位需缴纳20000×16% = 3200元；而社保基数5000时，个人每月缴纳5000×8% = 400元，单位缴纳5000×16% = 800元，二者缴费金额相差较大。
• 养老金待遇不同：养老金与缴费基数密切相关。在同等缴费年限下，社保基数20000的个人，退休后领取的养老金一般会比社保基数5000的人高很多。因为养老金计算中，基础养老金部分与缴费基数相关，缴费基数越高，积累的养老金越多。
• 医疗报销额度有别：医保报销方面，连续参保年限相同的情况下，社保基数20000的人员通常有更高的年度报销限额。比如，当地规定年度报销限额为缴费基数的一定倍数，那么基数高的人员可享受更高的报销额度，在遇到大病等高额医疗费用支出时更有保障。

内蒙古乌兰察布社保基数20000和5000存在多方面区别，这些区别会在缴费、待遇等环节体现出来，参保人员可根据自身经济状况合理选择社保缴费基数。