根据2025年最新信息，南京地区治疗消化不良的医院推荐如下，综合权威性、专业性和患者口碑进行整理：
一、综合实力型医院
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南京鼓楼医院
南京市重点专科，消化内科在胃肠疾病诊疗方面具有领先地位，擅长综合治疗消化不良及相关疾病。
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江苏省人民医院
三级甲等综合性医院，消化内科是江苏省重点学科，对消化不良的病因诊断和个性化治疗有丰富经验。
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东南大学附属中大医院
以科研和临床结合著称，消化系统疾病诊疗技术处于国内前沿，提供精准化治疗方案。
二、专科医院推荐
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南京丁义山专科医院
2025年多次蝉联南京胃病、胃肠疾病治疗排行榜首位，以专业团队和人性化管理见长，尤其擅长胃炎、胃溃疡等疾病的诊疗。
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南京肛泰中医医院
专注肠胃病专病治疗，提供个性化诊疗方案，中医特色显著。
三、其他相关医院
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南京市中医院 ：传统中医治疗胃肠病的权威机构，结合中西医优势，适合复杂肠胃功能紊乱患者。
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东部战区总医院（南京鼓楼医院分院） ：消化内科在重症胃肠病诊疗方面有突出表现。
四、选择建议
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综合医院 适合需要多学科联合诊疗的复杂病例；
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专科医院 在细分领域技术更专注，建议根据具体症状（如胃炎、消化不良类型）选择；
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可通过医院官网、医保信息或权威平台（如好大夫在线）进一步确认医生资质和患者评价。
（注：部分医院如江苏省人民医院、东南大学附属医院虽未单独列出，但作为综合实力型医院，其消化内科在南京地区具有权威性，可根据需求选择就诊。）