根据相关政策和流程，关于“有社保又交了农村医保”的退费问题，具体处理方式如下：
一、政策原则
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社保类型性质差异
社保包含城镇职工医保、城乡居民医保等，而新型农村合作医疗（新农合）属于医疗保险范畴。两者在参保对象、缴费标准、待遇水平等方面存在差异， 不能直接重复参保 。
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缴费时间限制
若在元旦前缴纳的新农合费用，可申请退回；元旦后缴纳的费用则无法退还。
二、处理方式
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保留其中一份，退掉另一份
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选择保留 ：根据就医地、经济需求等实际情况选择保留职工医保或城乡居民医保。
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办理退费 ：需前往当地社保中心或医保办事处提交身份证、社保卡、退保申请表等材料。
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无法直接退费的情况
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职工医保 ：通常无法退还已缴费用，仅能保留个人账户余额。
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城乡居民医保 ：缴费后一般不支持退费，特殊情况下（如户籍注销、参保人死亡等）可申请退保。
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三、特殊情况处理
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重复缴费认定 ：若因系统错误或信息重复导致缴费，需提供缴费凭证、单位证明等材料向地税局或社保局申请退费。
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合并参保 ：部分地区支持城乡居民医保与职工医保合并（如新型农村合作医疗与职工医保合并为城乡居民医保），需咨询当地医保部门办理。
四、注意事项
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避免重复缴费 ：建议缴费前咨询当地医保部门，避免因信息误差重复参保。
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医疗费用报销优先级 ：若同时参保，职工医保的报销比例通常高于城乡居民医保，建议优先保留。
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退休后的医疗保障 ：职工医保可终身享受，城乡居民医保需满足缴费年限（如15年）才能领取养老金。
以上信息综合了社保政策及操作流程，具体办理前建议咨询当地社保部门（12333）或医保机构，以获取最新政策指导。