根据相关政策和搜索结果，低保户查出有4万元存款的处理方式如下：
一、存款与低保资格的关系
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超过当地标准则取消资格
若低保户名下的存款总额超过当地最低生活保障标准（如河南省为6个月低保标准），将直接取消低保资格。例如，某地月低保标准为500元，则家庭人均存款不得超过3000元。
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连续三个月未支取可能被取消
若存款超过标准但未主动申报或支取，可能因“长期不消费”被认定为不符合低保条件。
二、处理流程与法律依据
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核查与调查
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民政部门或相关部门会核查存款来源及家庭整体收入情况，包括工资、财产等综合收入。
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若涉及大额存款且来源不明，银行会按反洗钱规定上报人民银行处理。
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取消低保后的措施
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低保金将停止发放，已发放部分可能被追回。
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需配合提供财产证明、收入证明等材料。
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三、注意事项
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存款来源的合法性 ：若存款为合法劳动收入或继承所得，不会被冻结或没收，但需接受核查。
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政策差异 ：不同地区对存款限额的标准可能不同，建议咨询当地民政部门获取准确信息。
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申诉渠道 ：若对处理结果有异议，可通过民政部门或法律途径申诉。
四、补充说明
低保政策旨在保障基本生活，避免因财产差异导致救助资源分配不公。若因突发情况导致存款增加（如疾病、灾害），建议及时向民政部门申请临时救助。