社保12月份扣款两次的原因可能有多种，以下是一些常见的情况：
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系统错误或重复操作 ：社保系统可能出现技术故障，或者单位财务部门在操作时出现了重复提交的情况，导致扣款重复。
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工资发放与计提月份重叠 ：有些用人单位在发放工资时，可能会重叠计提工资的月份，尤其是年底，这可能导致扣款两次。
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补缴社保费用 ：如果12月份有社保缴费比例上调或其他需要补缴的情况，可能会导致需要补交差款，从而产生两次扣款。
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代扣银行卡问题 ：如果个人的代扣银行卡除了扣除本人的社保费用外，还扣了家人的社保费用，或者代扣代缴的银行卡出现了重复扣款的问题，也可能导致扣款两次。
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社保数据重复发送 ：有时地税的社保数据可能会重复发送给银行，导致银行多扣钱，从而产生两次扣款。
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单位重复扣款 ：如果单位进行了二次扣款，可能是社保重复缴纳，这种情况是可以申请退款的。
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其他特殊情况 ：还有一些特殊情况可能导致扣款两次，例如个人参保时间、缴费基数变化等。
建议
如果遇到社保12月份扣款两次的情况，建议及时咨询社保部门或财务部门，了解具体原因，并寻求专业解决。如果确认是系统或操作问题，可以请求相关部门进行核查和纠正。如果涉及财务损失，可以考虑通过法律途径维护自己的权益。