在支付宝缴纳医保时多交了一次，可以通过以下步骤处理：

一、确认多缴原因

1. 检查缴费时间 ：确认是否因系统延迟或操作失误导致重复缴费；

2. 核对缴费对象 ：确认是否为同一人重复缴费。

二、处理多缴费用

1. 线上处理（部分地区适用）

   • 登录支付宝，进入"城市服务"或"社保"相关页面；

   • 找到已缴费的医保项目，点击"退费申请"；

   • 提交缴费凭证、身份证明等材料，等待审核。

2. 线下处理

   • 携带身份证、缴费凭证到当地医保经办机构（如社保中心、税务局）；

   • 说明多缴情况，提交材料申请退费。

三、特殊情况说明

• 政策差异 ：不同地区对重复缴费的退费政策可能不同，建议优先查询当地医保局规定；

• 时间限制 ：部分地区要求在缴费后3个月内申请退费；

• 重复参保处理 ：若在不同地区重复参保，需确定主要参保地，非主要参保地部分可申请退费。

四、注意事项

1. 保留好所有缴费凭证和沟通记录，以备后续查询；

2. 若通过线上渠道申请失败，可联系医保服务热线（如12333）咨询；

3. 定期检查医保账户，避免因系统误差重复缴费。

通过以上步骤，一般可在1-3个工作日内处理完成退费。若超过规定时间未处理，建议联系医保部门核实情况。