根据国家医疗保障政策，合作医疗（包括新型农村合作医疗和职工基本医疗保险）在新疆是支持异地报销的，但具体报销流程和比例可能因地区政策差异而有所不同。以下是综合说明：
一、异地报销的可行性
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国家政策支持
国家医保局推动建立异地就医直接结算机制，参保人员持医保卡可在全国联网医疗机构直接结算应由医保基金支付的费用。
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新疆本地政策
新疆已实现与全国大部分地区的医保互联互通，参保人员异地就医可通过直接结算或二次报销实现费用报销。
二、报销方式与流程
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直接结算
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在新疆的定点医疗机构就医时，参保人员只需支付自费部分，其余费用由医保基金与医院直接结算。
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需提前确认就医地是否为医保定点医院，可通过医保局官网或医院查询。
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二次报销（部分地区适用）
若首次报销后自费比例过高，可申请二次报销。例如，某地政策规定，经首次报销后自费部分超过一定比例，可回参保地申请二次报销。
三、注意事项
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备案要求
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跨省长期居住人员需办理异地就医备案，可通过医保局官网、APP或线下渠道办理。
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短期异地就医（如转院）需提供转院证明，未备案可能影响报销。
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报销比例差异
不同省份、不同级别医疗机构报销比例不同，建议提前咨询参保地医保部门，了解具体政策。
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材料准备
需携带身份证、医保卡、医疗费用发票、诊断证明等材料，部分地区需额外提交转诊审批表或居住证明。
四、特殊情况处理
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紧急就医 ：因急症在异地住院可先自行垫付费用，回参保地后申请报销。
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材料不全 ：若因材料问题导致报销失败，需及时联系参保地医保部门补缴材料。
总结
合作医疗在新疆支持异地报销，但需根据就医地政策选择直接结算或二次报销，并做好备案和材料准备。建议参保人员提前电话咨询新疆当地医保机构，确认具体操作流程及报销比例。