巴彦淖尔科技局的工作职能主要包括以下几个方面：
- 制定和实施科技发展战略 ：
- 研究制定市科技发展战略和科技促进经济与社会发展的政策、条例、规范性文件，并组织实施。
- 科技计划与项目管理 ：
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研究确定市科技发展布局和优先领域，编制市科技发展的中长期规划和年度计划，并组织实施。
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编制全市科技计划并监督实施，统筹关键共性技术研发和创新，牵头组织重大技术攻关和成果应用示范。
- 科技投入与财务管理 ：
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研究多渠道增加科技投入的措施，负责归口管理的科学事业费、科技三项费和科技外经费的使用和管理。
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牵头建立统一的全市科技管理平台和科研项目资金协调、评估、监管机制，推动多元化科技投入体系建设。
- 科技创新与体制改革 ：
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研究提出市科技事业、改革的有关政策和措施，推动科技创新体系建设，提高科技创新能力，指导全市科技体制改革工作。
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统筹推进全市创新体系建设和科技体制改革，会同有关部门健全技术创新激励机制。
- 高新技术与产业化 ：
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研究制订全市加强应用研究、高新技术发展的政策措施，并组织实施。
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强化高新技术产业化及应用技术的开发与推广工作，指导科技成果转化。
- 科技人才与队伍建设 ：
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研究科技人才的合理配置，提出充分发挥科技人员积极性、创造性和科技人才成长环境的相关政策。
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会同有关部门拟订全市科技人才队伍建设规划和政策并监督实施，建立健全科技人才评价和激励机制。
- 科技合作与交流 ：
- 组织、指导全市科技合作与交流工作，编制科技合作计划，负责商签和执行官方科技合作协议、协定等科技外事工作。
- 科技成果与市场管理 ：
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管理全市科技成果、科技奖励、科技保密、技术市场、有关科技知识产权保护等工作。
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牵头市技术转移体系建设，拟订科技成果管理、转移转化和促进产学研结合的相关政策措施并监督实施。
- 科普工作 ：
- 制订科学技术普及工作发展政策，推动科普工作发展。
这些职能涵盖了科技发展的各个方面，从战略规划到具体执行，从人才培养到成果转化，形成了较为全面的科技管理体系。