关于农村合作医疗重复缴费的问题，可参考以下处理方式：

一、申请退费

1. 联系当地医保部门

   尽快通过医保局官网、公众号或线下服务大厅提交退费申请，需提供身份证明、缴费凭证等材料。

2. 提交材料与审核

   医保部门审核通过后，重复缴费金额将退还至指定银行账户。若因系统故障或人为错误导致重复缴费，通常可在1-3个工作日内处理。

3. 特殊情况处理

   • 若缴费时间间隔较短（如相邻缴费期），部分地区可能直接退重复金额；

   • 若涉及跨地区缴费，需提供异地缴费凭证。

二、保留一份并终止另一份

1. 确认参保资格

   若同时参加了其他医疗保险（如职工医保），需向社保部门提交书面申请，终止重复的农村合作医疗，并提供相关证明材料。

2. 办理终止手续

   完成终止申请后，重复缴费的保险将自动失效，已缴费用不予退还。

三、其他注意事项

1. 时间限制

   部分地区对重复缴费的退费有时间限制，例如广西柳江规定2021年1月1日前缴费可申请退款，超过则无法处理。

2. 避免影响其他权益

   重复缴费可能导致个人医保账户异常，影响后续医疗费用报销，建议优先处理退费。

3. 咨询当地政策

   不同地区具体操作可能有所差异，建议提前电话咨询当地医保局，确认办理流程。

若因重复缴费导致资金损失或退费受阻，建议通过12366等官方渠道投诉，或寻求法律援助。