新生儿申请农村合作医疗的流程可分为以下步骤：
一、办理入户手续
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户籍登记
新生儿需在出生后及时办理户籍登记，取得当地户籍是参加农村合作医疗的资格前提。
二、参保登记与缴费
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准备材料
需携带以下材料：
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新生儿出生证明
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父母双方身份证、户口簿原件及复印件
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新生儿2寸免冠白底照片（需与证件照片一致）。
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提交申请
将材料提交至户籍所在地农村合作医疗管理机构（如社保局或医保服务点）。
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审核与缴费
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工作人员审核材料真实性
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完成参保费用缴纳（费用标准因地区而异）。
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三、领取就医凭证
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制卡与激活
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审核通过后，制卡过程通常需半个月；
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收到《社会保障卡》和《就医记录册》。
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激活社保卡
按照短信提示激活社保卡，确保正常使用。
四、其他注意事项
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转诊与报销 ：若需在外地就医，需提前办理转诊手续，费用先自费，回乡后凭相关资料报销；
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报销流程 ：住院报销需提供住院病历、费用清单等材料，门诊报销需提供门诊发票。
五、政策依据
新型农村合作医疗的办理依据为《中华人民共和国社会保险法》第二十四条和第二十六条，确保参保后即可享受医疗保障待遇。
提示 ：不同地区具体流程可能略有差异，建议提前咨询当地医保部门确认。