当发票数量与入库单数量不一致时，需根据具体情况处理，主要分为以下两种情况：
一、合理损耗情况
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处理原则
损耗导致的数量减少不影响总金额，只需调整单价即可。入账时仍按发票金额登记，损耗部分通过“待处理财产损溢”科目核算。
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会计分录
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借：库存商品（按发票金额）
应交税费-应交增值税（进项税额）
贷：应付账款
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若需记录损耗数量，可补充分录：
借：待处理财产损溢（损耗金额）
贷：库存商品（损耗金额）
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二、不合理损耗或差异情况
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处理原则
若损耗不合理或存在其他差异（如运输损坏、价格调整等），需与供应商协商解决。若无法协商，需按实际入库数量入账，并调整相关税费和成本。
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会计处理
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退回发票要求重开，或按实际数量补开发票；
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仓库验收时凭实际数量入库，更新库存记录；
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若需赔偿损失，计入“营业外支出”。
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三、其他注意事项
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增值税处理 ：发票金额与入库金额不一致时，增值税额仍按发票金额抵扣，待实际入库后调整；
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单据审核 ：需核对采购单、出库单与发票的关联性，确保交易真实性；
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长期差异处理 ：若存在未解决差异，需在财务报告中披露。
通过以上方法，可规范处理发票与入库单不一致的情况，确保账目准确。