当实付金额与发票金额不一致时，需根据具体情况进行合规处理，具体方法如下：

一、发票金额大于实付金额

1. 直接按实际支付金额入账

   若差异较小或未超过1%（部分企业规定），可直接在费用报销单上填写实付金额，附上发票作为附件，经审批后入账。

2. 发票金额错误处理

   若差异因对方开票错误导致，需通过正规渠道（如税务局）申请红冲或更正发票，按实际金额重新开具。

二、发票金额小于实付金额

1. 补足发票金额

   需联系供应商补开发票或提供合法票据（如银行转账凭证），确保报销金额与实际支付金额一致。

2. 分情况处理未付款项

   • 若供应商拒绝补票且不再提供货物，需将差额计入“其他应收款”，并催促供应商追回多付款项。

   • 若供应商同意分期支付，可签订补充协议明确付款计划。

三、其他注意事项

1. 增值税处理

   • 若差异为销售折让，需按实际货款金额重新计算增值税，并转出多抵扣的进项税额。

   • 平销行为需按增值税税率冲减进项税金。

2. 票据审核

   报销前需严格审核发票真实性，包括印章、日期、金额等要素，防止假票或过期票据。

3. 差异原因追溯

   建立差异台账，记录每笔差异的原因、处理方式及责任人，便于后续审计和税务检查。

四、特殊情况处理

• 银行账户问题 ：若实付金额小于发票金额，需检查银行转账是否成功，及时与付款方沟通解决。

• 税务合规 ：所有调整需符合《增值税管理办法》，避免因违规操作引发税务风险。

通过以上方法，可规范处理实付与发票金额不一致的情况，确保财务数据真实性和合规性。