赖利-戴综合征若不及时治疗，可能导致严重的自主神经功能紊乱、多系统并发症，甚至儿童期夭折。关键风险包括：反复肺炎致死、自主神经危象引发猝死、进行性运动障碍及情感障碍，但早期干预可显著延长生存期至成年。
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高致死性并发症：未治疗患者常因吸入性肺炎、脱水或癫痫持续状态死亡，约40%伴随抽搐发作，睡眠猝死和心跳骤停是青少年期主要威胁。婴儿期吞咽困难易诱发反复肺部感染，成为首要死因。
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自主神经功能崩溃：血压剧烈波动（直立性低血压与发作性高血压交替）、无泪症导致角膜溃疡、异常多汗与体温失控，可能突发自主神经危象，表现为急性循环衰竭或高热惊厥。
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进行性躯体损害：脊柱侧弯和Charcot关节畸形随年龄加重，共济失调与构音障碍影响行动交流，味觉丧失和胃肠道症状（呕吐/便秘）导致营养不良，进一步削弱免疫力。
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神经精神后遗症：情感不稳、自闭倾向与认知发育滞后常见，约1/3患者出现智力低下，青春期后仍面临排尿性晕厥等突发风险，严重影响生活质量。
尽管该病无法根治，但通过鼻饲营养支持、抗感染管理及脊柱矫形手术等综合措施，患者生存期可延长至30-40岁。遗传咨询与产前诊断是阻断家族传递的关键。