平安e生保长期医疗险的缺点主要包括以下几点：
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等待期较长 ：平安e生保长期医疗险的等待期长达90天，而市面上很多优秀的医疗险产品等待期只有30天。
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转保条件严格 ：该产品的转保条件较为严格，可能会给消费者带来一定的不便。
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重疾医疗有1万免赔额 ：与一般百万医疗险不同的是，平安e生保长期医疗保险在重疾医疗方面有1万元的免赔额，这提升了理赔门槛，降低了被保人获得理赔的几率。
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不自带质子重离子医疗 ：平安e生保长期医疗保险的质子重离子医疗保障需要加费附加，而质子重离子医疗是治疗癌症效果最好的医疗手段之一。
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外购药不报销 ：该保险不报销外购药，包括癌症靶向药物等，这可能会影响一些患者的治疗选择。
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增值服务欠缺 ：平安e生保长期医疗险缺少一些常见且实用的就医绿通和费用垫付服务，相对于同类产品来说，保障不够友好。
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续保条件 ：虽然该产品有续保至99岁的亮点，但条款中明确了续保的条件，特别是“当本产品停售后，就不能再续保”这一条，因此未来存在停售的风险。
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报销范围有限制 ：该保险在报销范围上有一定的限制，例如靶向治疗的药物范围要求必须是国家食药监局目录范围内的药物，而且一些先进的癌症治疗手段如器官移植手术中的器官费用不能报销。
综合来看，平安e生保长期医疗险虽然有一些明显的缺点，但其优点也不少，如保证续保20年、保障够用、保费相对较低等。消费者在购买时可以根据自身需求和实际情况进行权衡。