蜡样芽孢杆菌食物中毒的病因主要是食用了被蜡样芽孢杆菌及其毒素污染的食物，具体如下：
- 细菌特性：蜡样芽孢杆菌是一种革兰氏阳性需氧杆菌，广泛存在于土壤、尘埃、空气、水等环境中，也可存在于人畜肠道。该菌能形成芽孢，芽孢具有高度耐热性，通常的食品加热烹调难以将其杀死，芽孢会残存并发芽，从而导致食物受污染。
- 食品污染：食品在加工、运输、贮存及销售过程中，所处环境不卫生，或从业人员未按要求操作，易造成食品被蜡样芽孢杆菌污染。如泥土、尘埃、空气可作为污染源，昆虫、苍蝇、不洁的用具与容器也会导致食品污染。被污染的食物种类繁多，包括乳及乳制品、肉类制品、蔬菜、米粉、米饭等。
- 繁殖产毒：蜡样芽孢杆菌在适宜的温度和湿度条件下能够生长繁殖，并产生毒素。其生长的最适温度为 28℃-37℃，在 20℃-40℃时可迅速繁殖。食品贮存于较高温度中时间过长，会使污染食品的蜡样芽孢杆菌大量繁殖并产生毒素。该菌可产生致呕吐型毒素、致腹泻型肠毒素等。其中，呕吐型毒素耐热性强，加热至 126℃×90 分钟仍不被破坏，含有此毒素的食品即使高温加热后食用仍可引发中毒。
- 食用方式：若食用前不加热或加热不彻底，就无法杀死细菌或破坏已产生的毒素，从而引起食物中毒。例如，食用没有冷藏、放置时间久的米饭，食堂或餐厅保存米饭时没放进冰箱，致使蜡样芽孢杆菌在室温下迅速繁殖产毒，人食用后就可能中毒。