根据相关政策和搜索结果，关于公司医保停缴后是否可以继续缴纳农村医保的问题，综合说明如下：

一、是否可以同时缴纳

1. 政策允许

   职工医保（城镇职工基本医疗保险）与农村医保（新型农村合作医疗保险）是两种不同性质的社会保险，参保人员可以同时缴纳。

2. 待遇影响

   若同时缴纳两种医保，医疗费用将优先使用职工医保报销，职工医保报销比例通常高于新农合。若同时患病，需注意两种医保的报销范围和起付标准。

二、停缴职工医保后的处理方式

1. 继续缴纳新农合

   即使职工医保停缴，仍可按原缴费标准继续缴纳新农合，且缴费年限连续计算。

2. 停缴职工医保

   若选择停缴职工医保，需办理停保手续：

   • 灵活就业人员 ：直接到当地社保经办机构办理停保；

   • 单位参保人员 ：需联系单位人力资源部门或社保机构申请停缴。

三、注意事项

1. 待遇差异

   职工医保的报销比例、起付线、封顶线等标准均高于新农合，建议根据经济状况选择保留哪种医保。

2. 避免重复参保

   若误缴职工医保，需先停缴职工医保，再参保新农合，避免因系统或政策差异影响待遇。

3. 特殊情况处理

   • 职工医保中断后补缴 ：若中断时间在60天内续缴，次月可恢复职工医保待遇；超过60天需等待3个月；

   • 城乡居民医保替代 ：部分地区允许职工医保停缴后转入城乡居民医保（即新农合），但需符合当地政策规定。

四、建议方案

• 优先保留职工医保 ：若经济条件允许，建议保留职工医保以获得更高报销比例；

• 灵活选择 ：若无法继续缴纳职工医保，可按需选择续缴新农合或转入城乡居民医保。

以上信息综合了社保政策及实际操作流程，具体以当地社保部门规定为准。