小儿无菌性脑膜炎综合征的晚期症状通常较为严重，可能包括以下几种表现：
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持续高热：体温可能进一步升高，持续时间较长，常规退热方法可能难以奏效。
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剧烈头痛：头痛程度加剧，可呈持续性或阵发性加重，严重影响患儿的睡眠和日常生活。
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频繁呕吐：呕吐次数增多，甚至可能呈喷射状，导致患儿无法正常进食和饮水，进而可能出现脱水、电解质紊乱等情况。
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意识障碍：病情严重时，患儿可能出现嗜睡、昏睡、昏迷等不同程度的意识障碍，对外界刺激的反应减弱或消失。
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惊厥发作：可能会发生全身性或局限性的惊厥，表现为四肢抽搐、口吐白沫、双眼上翻等症状，频繁的惊厥发作可能会对患儿的大脑造成进一步的损伤。
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脑膜刺激征加重：如颈项强直更加明显，抬腿试验（Kernig 征）和划跖试验（Brudzinski 征）阳性等体征更为显著。
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脑水肿症状突出：由于炎症反应等原因导致脑组织水肿，患儿可能出现颅内压增高的症状，如剧烈头痛、呕吐、视神经乳头水肿等，严重时可导致脑疝形成，危及生命。
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神经功能缺损：可能出现失语、失明、听力障碍、肢体瘫痪等神经功能缺损症状，这些症状可能是永久性的，会对患儿的生活质量造成严重影响。
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循环功能障碍：在晚期，病情严重的患儿可能会出现休克、血压下降等循环功能障碍的表现，这是由于全身炎症反应综合征（SIRS）等原因导致的血管扩张、血压降低等引起的。
需要注意的是，并非所有患儿都会出现上述晚期症状，且症状的严重程度和出现的顺序也可能因个体差异而有所不同。如果孩子被诊断为小儿无菌性脑膜炎综合征，家长应密切关注孩子的病情变化，及时与医生沟通，以便早期发现并处理可能出现的晚期症状。